莱莎的炼金工房2，的故事结束约一年之后，生活在库肯岛的莱莎等人，突然得知近海出现了不明群岛。这些被称为“柯克群岛”的岛屿，对莱莎等人居住的库肯岛产生了负面影响。为了拯救库肯岛，莱莎一行人迅速前往调查。调查柯克群岛的过程中，他们到达了谜之遗迹。遗迹深处，莱莎等人见到一扇巨大的谜样门扉。为了进一步调查而靠近那扇门，莱莎的脑海中突然听到了引导她接近“万象大典”的谜之声音。这扇门后究竟有些什么，“万象大典”又是什么意思。为了寻找拯救库肯岛的方法，莱莎等人踏上了关于“钥匙”与“炼金术根源”的宏大冒险之旅。
